IRIS – Institutional Research Information System
IRIS è il sistema di gestione della ricerca dell’Università degli Studi di Milano-Bicocca.Il repository BOA è il modulo del sistema dedicato alla raccolta e alla disseminazione della produzione scientifica di Ateneo. Le pubblicazioni sono ricercabili per parola chiave attraverso il box nella barra orizzontale in alto oppure, mediante il pulsante Sfoglia, per "Afferenza", "Autore", "Titolo", "Tipologia" o "Settore scientifico-disciplinare".
IRIS contiene inoltre alcuni moduli dedicati alla registrazione dei progetti e dei contratti, e alla reportistica avanzata per le attività di valutazione della ricerca
EnglishThe string graph for a collection of next-generation reads is a lossless data representation that is fundamental for de novo assemblers based on the overlap-layout-consensus paradigm. In this paper, we explore a novel approach to compute the string graph, based on the FMindex and Burrows-Wheeler Transform (BWT). We describe a simple algorithm that uses only the FM-index representation of the collection of reads to construct the string graph, without accessing the input reads. Our algorithm has been integrated into the SGA assembler as a standalone module to construct the string graph. The new integrated assembler has been assessed on a standard benchmark, showing that FSG is significantly faster than SGA while maintaining a moderate use of main memory, and showing practical advantages in running FSG on multiple threads.
Bonizzoni, P., Della Vedova, G., Pirola, Y., Previtali, M., & Rizzi, R. (2016). FSG: Fast string graph construction for de novo assembly of reads data. In 12th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications, ISBRA 2016; Minsk; Belarus; 5 June 2016 through 8 June 2016 (pp.27-39). Springer Verlag.
| Citazione: | Bonizzoni, P., Della Vedova, G., Pirola, Y., Previtali, M., & Rizzi, R. (2016). FSG: Fast string graph construction for de novo assembly of reads data. In 12th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications, ISBRA 2016; Minsk; Belarus; 5 June 2016 through 8 June 2016 (pp.27-39). Springer Verlag. |
| Tipo: | slide + paper |
| Carattere della pubblicazione: | Scientifica |
| Presenza di un coautore afferente ad Istituzioni straniere: | No |
| Titolo: | FSG: Fast string graph construction for de novo assembly of reads data |
| Autori: | Bonizzoni, P; Della Vedova, G; Pirola, Y; Previtali, M; Rizzi, R |
| Autori: | |
| Data di pubblicazione: | 2016 |
| Lingua: | English |
| Nome del convegno: | 12th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications, ISBRA 2016 |
| ISBN: | 9783319387819 |
| Serie: | LECTURE NOTES IN COMPUTER SCIENCE |
| Appare nelle tipologie: | 02 - Intervento a convegno |
File in questo prodotto:
| File | Descrizione | Tipologia | Licenza | |
|---|---|---|---|---|
| conf-paper-16-isbra.pdf | Articolo principale | N/A | Administrator Richiedi una copia |
Copyright © 2021