The complexity of multiple sequence alignment with SP-score that is a metric

Bonizzoni, P; Della Vedova, G

doi:10.1016/S0304-3975(99)00324-2

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01 - Articolo su rivista

The complexity of multiple sequence alignment with SP-score that is a metric

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This paper analyzes the computational complexity of computing the optimal alignment of a set of sequences under the sum of all pairs (SP) score scheme. We solve an open question by showing that the problem is NP-complete in the very restricted case in which the sequences are over a binary alphabet and the score is a metric. This result establishes the intractability of multiple sequence alignment under a score function of mathematical interest, which has indeed received much attention in biological sequence comparison. (C) 2001 Elsevier Science B.V. All rights reserved.

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Scheda completa

Citazione: Bonizzoni, P., & Della Vedova, G. (2001). The complexity of multiple sequence alignment with SP-score that is a metric. THEORETICAL COMPUTER SCIENCE, 259(01-feb), 63-79.

Tipo: Articolo in rivista - Articolo scientifico

Carattere della pubblicazione: Scientifica

Titolo: The complexity of multiple sequence alignment with SP-score that is a metric

Autori: Bonizzoni, P; Della Vedova, G

Autori:
BONIZZONI, PAOLA
DELLA VEDOVA, GIANLUCA

Data di pubblicazione: 28-mag-2001

Lingua: English

Rivista: THEORETICAL COMPUTER SCIENCE

Digital Object Identifier (DOI): http://dx.doi.org/10.1016/S0304-3975(99)00324-2

Appare nelle tipologie: 01 - Articolo su rivista

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http://hdl.handle.net/10281/1282

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