Attenzione: i dati modificati non sono ancora stati salvati. Per confermare inserimenti o cancellazioni di voci è necessario confermare con il tasto SALVA LE MODIFICHE in fondo alla pagina
Bicocca Open Archive
Cancer is driven by genetic change, and the advent of massively parallel sequencing has enabled systematic documentation of this variation at the whole-genome scale1–3. Here we report the integrative analysis of 2,658 whole-cancer genomes and their matching normal tissues across 38 tumour types from the Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium of the International Cancer Genome Consortium (ICGC) and The Cancer Genome Atlas (TCGA). We describe the generation of the PCAWG resource, facilitated by international data sharing using compute clouds. On average, cancer genomes contained 4–5 driver mutations when combining coding and non-coding genomic elements; however, in around 5% of cases no drivers were identified, suggesting that cancer driver discovery is not yet complete. Chromothripsis, in which many clustered structural variants arise in a single catastrophic event, is frequently an early event in tumour evolution; in acral melanoma, for example, these events precede most somatic point mutations and affect several cancer-associated genes simultaneously. Cancers with abnormal telomere maintenance often originate from tissues with low replicative activity and show several mechanisms of preventing telomere attrition to critical levels. Common and rare germline variants affect patterns of somatic mutation, including point mutations, structural variants and somatic retrotransposition. A collection of papers from the PCAWG Consortium describes non-coding mutations that drive cancer beyond those in the TERT promoter4; identifies new signatures of mutational processes that cause base substitutions, small insertions and deletions and structural variation5,6; analyses timings and patterns of tumour evolution7; describes the diverse transcriptional consequences of somatic mutation on splicing, expression levels, fusion genes and promoter activity8,9; and evaluates a range of more-specialized features of cancer genomes8,10–18.
Campbell P. J.;Getz G.;Korbel J. O.;Stuart J. M.;Jennings J. L.;Stein L. D.;Perry M. D.;Nahal-Bose H. K.;Ouellette B. F. F.;Li C. H.;Rheinbay E.;Nielsen G. P.;Sgroi D. C.;Wu C. -L.;Faquin W. C.;Deshpande V.;Boutros P. C.;Lazar A. J.;Hoadley K. A.;Louis D. N.;Dursi L. J.;Yung C. K.;Bailey M. H.;Saksena G.;Raine K. M.;Buchhalter I.;Kleinheinz K.;Schlesner M.;Zhang J.;Wang W.;Wheeler D. A.;Ding L.;Simpson J. T.;O'Connor B. D.;Yakneen S.;Ellrott K.;Miyoshi N.;Butler A. P.;Royo R.;Shorser S. I.;Vazquez M.;Rausch T.;Tiao G.;Waszak S. M.;Rodriguez-Martin B.;Shringarpure S.;Wu D. -Y.;Demidov G. M.;Delaneau O.;Hayashi S.;Imoto S.;Habermann N.;Segre A. V.;Garrison E.;Cafferkey A.;Alvarez E. G.;Heredia-Genestar J. M.;Muyas F.;Drechsel O.;Bruzos A. L.;Temes J.;Zamora J.;Baez-Ortega A.;Kim H. -L.;Mashl R. J.;Ye K.;DiBiase A.;Huang K. -L.;Letunic I.;McLellan M. D.;Newhouse S. J.;Shmaya T.;Kumar S.;Wedge D. C.;Wright M. H.;Yellapantula V. D.;Gerstein M.;Khurana E.;Marques-Bonet T.;Navarro A.;Bustamante C. D.;Siebert R.;Nakagawa H.;Easton D. F.;Ossowski S.;Tubio J. M. C.;De La Vega F. M.;Estivill X.;Yuen D.;Mihaiescu G. L.;Omberg L.;Ferretti V.;Sabarinathan R.;Pich O.;Gonzalez-Perez A.;Taylor-Weiner A.;Fittall M. W.;Demeulemeester J.;Tarabichi M.;Roberts N. D.;Van Loo P.;Cortes-Ciriano I.;Urban L.;Park P.;Zhu B.;Pitkanen E.;Li Y.;Saini N.;Klimczak L. J.;Weischenfeldt J.;Sidiropoulos N.;Alexandrov L. B.;Rabionet R.;Escaramis G.;Bosio M.;Holik A. Z.;Susak H.;Prasad A.;Erkek S.;Calabrese C.;Raeder B.;Harrington E.;Mayes S.;Turner D.;Juul S.;Roberts S. A.;Song L.;Koster R.;Mirabello L.;Hua X.;Tanskanen T. J.;Tojo M.;Chen J.;Aaltonen L. A.;Ratsch G.;Schwarz R. F.;Butte A. J.;Brazma A.;Chanock S. J.;Chatterjee N.;Stegle O.;Harismendy O.;Bova G. S.;Gordenin D. A.;Haan D.;Sieverling L.;Feuerbach L.;Chalmers D.;Joly Y.;Knoppers B.;Molnar-Gabor F.;Phillips M.;Thorogood A.;Townend D.;Goldman M.;Fonseca N. A.;Xiang Q.;Craft B.;Pineiro-Yanez E.;Munoz A.;Petryszak R.;Fullgrabe A.;Al-Shahrour F.;Keays M.;Haussler D.;Weinstein J.;Huber W.;Valencia A.;Papatheodorou I.;Zhu J.;Fan Y.;Torrents D.;Bieg M.;Chen K.;Chong Z.;Cibulskis K.;Eils R.;Fulton R. S.;Gelpi J. L.;Gonzalez S.;Gut I. G.;Hach F.;Heinold M.;Hu T.;Huang V.;Hutter B.;Jager N.;Jung J.;Kumar Y.;Lalansingh C.;Leshchiner I.;Livitz D.;Ma E. Z.;Maruvka Y. E.;Milovanovic A.;Nielsen M. M.;Paramasivam N.;Pedersen J. S.;Puiggros M.;Sahinalp S. C.;Sarrafi I.;Stewart C.;Stobbe M. D.;Wala J. A.;Wang J.;Wendl M.;Werner J.;Wu Z.;Xue H.;Yamaguchi T. N.;Yellapantula V.;Davis-Dusenbery B. N.;Grossman R. L.;Kim Y.;Heinold M. C.;Hinton J.;Jones D. R.;Menzies A.;Stebbings L.;Hess J. M.;Rosenberg M.;Dunford A. J.;Gupta M.;Imielinski M.;Meyerson M.;Beroukhim R.;Reimand J.;Dhingra P.;Favero F.;Dentro S.;Wintersinger J.;Rudneva V.;Park J. W.;Hong E. P.;Heo S. G.;Kahles A.;Lehmann K. -V.;Soulette C. M.;Shiraishi Y.;Liu F.;He Y.;Demircioglu D.;Davidson N. R.;Greger L.;Li S.;Liu D.;Stark S. G.;Zhang F.;Amin S. B.;Bailey P.;Chateigner A.;Frenkel-Morgenstern M.;Hou Y.;Huska M. R.;Kilpinen H.;Lamaze F. C.;Li C.;Li X.;Li X.;Liu X.;Marin M. G.;Markowski J.;Nandi T.;Ojesina A. I.;Pan-Hammarstrom Q.;Park P. J.;Pedamallu C. S.;Su H.;Tan P.;Teh B. T.;Wang J.;Xiong H.;Ye C.;Yung C.;Zhang X.;Zheng L.;Zhu S.;Awadalla P.;Creighton C. J.;Wu K.;Yang H.;Goke J.;Zhang Z.;Brooks A. N.;Fittall M. W.;Martincorena I.;Rubio-Perez C.;Juul M.;Schumacher S.;Shapira O.;Tamborero D.;Mularoni L.;Hornshoj H.;Deu-Pons J.;Muinos F.;Bertl J.;Guo Q.;Gonzalez-Perez A.;Xiang Q.;Bazant W.;Barrera E.;Al-Sedairy S. T.;Aretz A.;Bell C.;Betancourt M.;Buchholz C.;Calvo F.;Chomienne C.;Dunn M.;Edmonds S.;Green E.;Gupta S.;Hutter C. M.;Jegalian K.;Jones N.;Lu Y.;Nakagama H.;Nettekoven G.;Planko L.;Scott D.;Shibata T.;Shimizu K.;Stratton M. R.;Yugawa T.;Tortora G.;VijayRaghavan K.;Zenklusen J. C.;Townend D.;Knoppers B. M.;Aminou B.;Bartolome J.;Boroevich K. A.;Boyce R.;Buchanan A.;Byrne N. J.;Chen Z.;Cho S.;Choi W.;Clapham P.;Dow M. T.;Dursi L. J.;Eils J.;Farcas C.;Fayzullaev N.;Flicek P.;Heath A. P.;Hofmann O.;Hong J. H.;Hudson T. J.;Hubschmann D.;Ivkovic S.;Jeon S. -H.;Jiao W.;Kabbe R.;Kahles A.;Kerssemakers J. N. A.;Kim H.;Kim J.;Koscher M.;Koures A.;Kovacevic M.;Lawerenz C.;Liu J.;Mijalkovic S.;Mijalkovic-Lazic A. M.;Miyano S.;Nastic M.;Nicholson J.;Ocana D.;Ohi K.;Ohno-Machado L.;Pihl T. D.;Prinz M.;Radovic P.;Short C.;Sofia H. J.;Spring J.;Struck A. J.;Tijanic N.;Vicente D.;Wang Z.;Williams A.;Woo Y.;Wright A. J.;Yang L.;Hamilton M. P.;Johnson T. A.;Kahraman A.;Kellis M.;Polak P.;Sallari R.;Sinnott-Armstrong N.;von Mering C.;Beltran S.;Gerhard D. S.;Gut M.;Trotta J. -R.;Whalley J. P.;Niu B.;Espiritu S. M. G.;Gao S.;Huang Y.;Lalansingh C. M.;Teague J. W.;Wendl M. C.;Abascal F.;Bader G. D.;Bandopadhayay P.;Barenboim J.;Brunak S.;Carlevaro-Fita J.;Chakravarty D.;Chan C. W. Y.;Choi J. K.;Diamanti K.;Fink J. L.;Frigola J.;Gambacorti Passerini C.;Garsed D. W.;Haradhvala N. J.;Harmanci A. O.;Helmy M.;Herrmann C.;Hobolth A.;Hodzic E.;Hong C.;Isaev K.;Izarzugaza J. M. G.;Johnson R.;Juul R. I.;Kim J.;Kim J. K.;Jan Komorowski;Lanzos A.;Larsson E.;Lee D.;Li S.;Li X.;Lin Z.;Liu E. M.;Lochovsky L.;Lou S.;Madsen T.;Marchal K.;Martinez-Fundichely A.;McGillivray P. D.;Meyerson W.;Paczkowska M.;Park K.;Park K.;Pons T.;Pulido-Tamayo S.;Reyes-Salazar I.;Reyna M. A.;Rubin M. A.;Salichos L.;Sander C.;Schumacher S. E.;Shackleton M.;Shen C.;Shrestha R.;Shuai S.;Tsunoda T.;Umer H. M.;Uuskula-Reimand L.;Verbeke L. P. C.;Wadelius C.;Wadi L.;Warrell J.;Wu G.;Yu J.;Zhang J.;Zhang X.;Zhang Y.;Zhao Z.;Zou L.;Lawrence M. S.;Raphael B. J.;Bailey P. J.;Craft D.;Goldman M. J.;Aburatani H.;Binder H.;Dinh H. Q.;Heath S. C.;Hoffmann S.;Imbusch C. D.;Kretzmer H.;Laird P. W.;Martin-Subero J. I.;Nagae G.;Shen H.;Wang Q.;Weichenhan D.;Zhou W.;Berman B. P.;Brors B.;Plass C.;Akdemir K. C.;Bowtell D. D. L.;Burns K. H.;Busanovich J.;Chan K.;Dueso-Barroso A.;Edwards P. A.;Etemadmoghadam D.;Haber J. E.;Jones D. T. W.;Ju Y. S.;Kazanov M. D.;Koh Y.;Kumar K.;Lee E. A.;Lee J. J. -K.;Lynch A. G.;Macintyre G.;Markowetz F.;Navarro F. C. P.;Pearson J. V.;Rippe K.;Scully R.;Villasante I.;Waddell N.;Yang L.;Yao X.;Yoon S. -S.;Zhang C. -Z.;Bergstrom E. N.;Boot A.;Covington K.;Fujimoto A.;Huang M. N.;Islam S. M. A.;McPherson J. R.;Morganella S.;Mustonen V.;Ng A. W. T.;Prokopec S. D.;Vazquez-Garcia I.;Wu Y.;Yousif F.;Yu W.;Rozen S. G.;Rudneva V. A.;Shringarpure S. S.;Turner D. J.;Xia T.;Atwal G.;Chang D. K.;Cooke S. L.;Faltas B. M.;Haider S.;Kaiser V. B.;Karlic R.;Kato M.;Kubler K.;Margolin A.;Martin S.;Nik-Zainal S.;P'ng C.;Semple C. A.;Smith J.;Sun R. X.;Thai K.;Wright D. W.;Yuan K.;Biankin A. V.;Garraway L.;Grimmond S. M.;Adams D. J.;Anur P.;Cao S.;Christie E. L.;Cmero M.;Cun Y.;Dawson K. J.;Dentro S. C.;Deshwar A. G.;Donmez N.;Drews R. M.;Gerstung M.;Ha G.;Haase K.;Jerman L.;Ji Y.;Jolly C.;Lee J.;Lee-Six H.;Malikic S.;Mitchell T. J.;Morris Q. D.;Oesper L.;Peifer M.;Peto M.;Rosebrock D.;Rubanova Y.;Salcedo A.;Sengupta S.;Shi R.;Shin S. J.;Spiro O.;Vembu S.;Wintersinger J. A.;Yang T. -P.;Yu K.;Zhu H.;Spellman P. T.;Weinstein J. N.;Chen Y.;Fujita M.;Han L.;Hasegawa T.;Komura M.;Li J.;Mizuno S.;Shimizu E.;Wang Y.;Xu Y.;Yamaguchi R.;Yang F.;Yang Y.;Yoon C. J.;Yuan Y.;Liang H.;Alawi M.;Borozan I.;Brewer D. S.;Cooper C. S.;Desai N.;Grundhoff A.;Iskar M.;Su X.;Zapatka M.;Lichter P.;Alsop K.;Bruxner T. J. C.;Christ A. N.;Cordner S. M.;Cowin P. A.;Drapkin R.;Fereday S.;George J.;Hamilton A.;Holmes O.;Hung J. A.;Kassahn K. S.;Kazakoff S. H.;Kennedy C. J.;Leonard C. R.;Mileshkin L.;Miller D. K.;Arnau G. M.;Mitchell C.;Newell F.;Nones K.;Patch A. -M.;Quinn M. C.;Taylor D. F.;Thorne H.;Traficante N.;Vedururu R.;Waddell N. M.;Waring P. M.;Wood S.;Xu Q.;deFazio A.;Anderson M. J.;Antonello D.;Barbour A. P.;Bassi C.;Bersani S.;Cataldo I.;Chantrill L. A.;Chiew Y. -E.;Chou A.;Cingarlini S.;Cloonan N.;Corbo V.;Davi M. V.;Duthie F. R.;Gill A. J.;Graham J. S.;Harliwong I.;Jamieson N. B.;Johns A. L.;Kench J. G.;Landoni L.;Lawlor R. T.;Mafficini A.;Merrett N. D.;Miotto M.;Musgrove E. A.;Nagrial A. M.;Oien K. A.;Pajic M.;Pinese M.;Robertson A. J.;Rooman I.;Rusev B. C.;Samra J. S.;Scardoni M.;Scarlett C. J.;Scarpa A.;Sereni E.;Sikora K. O.;Simbolo M.;Taschuk M. L.;Toon C. W.;Vicentini C.;Wu J.;Zeps N.;Behren A.;Burke H.;Cebon J.;Dagg R. A.;De Paoli-Iseppi R.;Dutton-Regester K.;Field M. A.;Fitzgerald A.;Hersey P.;Jakrot V.;Johansson P. A.;Kakavand H.;Kefford R. F.;Lau L. M. S.;Long G. V.;Pickett H. A.;Pritchard A. L.;Pupo G. M.;Saw R. P. M.;Schramm S. -J.;Shang C. A.;Shang P.;Spillane A. J.;Stretch J. R.;Tembe V.;Thompson J. F.;Vilain R. E.;Wilmott J. S.;Yang J. Y.;Hayward N. K.;Mann G. J.;Scolyer R. A.;Bartlett J.;Bavi P.;Chadwick D. E.;Chan-Seng-Yue M.;Cleary S.;Connor A. A.;Czajka K.;Denroche R. E.;Dhani N. C.;Eagles J.;Gallinger S.;Grant R. C.;Hedley D.;Hollingsworth M. A.;Jang G. H.;Johns J.;Kalimuthu S.;Liang S. -B.;Lungu I.;Luo X.;Mbabaali F.;McPherson T. A.;Miller J. K.;Moore M. J.;Notta F.;Pasternack D.;Petersen G. M.;Roehrl M. H. A.;Sam M.;Selander I.;Serra S.;Shahabi S.;Thayer S. P.;Timms L. E.;Wilson G. W.;Wilson J. M.;Wouters B. G.;McPherson J. D.;Beck T. A.;Bhandari V.;Collins C. C.;Fleshner N. E.;Fox N. S.;Fraser M.;Heisler L. E.;Lalonde E.;Livingstone J.;Meng A.;Sabelnykova V. Y.;Shiah Y. -J.;Van der Kwast T.;Bristow R. G.;Ding S.;Fan D.;Li L.;Nie Y.;Xiao X.;Xing R.;Yang S.;Yu Y.;Zhou Y.;Banks R. E.;Bourque G.;Brennan P.;Letourneau L.;Riazalhosseini Y.;Scelo G.;Vasudev N.;Viksna J.;Lathrop M.;Tost J.;Ahn S. -M.;Aparicio S.;Arnould L.;Aure M. R.;Bhosle S. G.;Birney E.;Borg A.;Boyault S.;Brinkman A. B.;Brock J. E.;Broeks A.;Borresen-Dale A. -L.;Caldas C.;Chin S. -F.;Davies H.;Desmedt C.;Dirix L.;Dronov S.;Ehinger A.;Eyfjord J. E.;Fatima A.;Foekens J. A.;Futreal P. A.;Garred O.;Giri D. D.;Glodzik D.;Grabau D.;Hilmarsdottir H.;Hooijer G. K.;Jacquemier J.;Jang S. J.;Jonasson J. G.;Jonkers J.;Kim H. -Y.;King T. A.;Knappskog S.;Kong G.;Krishnamurthy S.;Lakhani S. R.;Langerod A.;Larsimont D.;Lee H. J.;Lee J. -Y.;Lee M. T. M.;Lingjaerde O. C.;MacGrogan G.;Martens J. W. M.;O'Meara S.;Pauporte I.;Pinder S.;Pivot X.;Provenzano E.;Purdie C. A.;Ramakrishna M.;Ramakrishnan K.;Reis-Filho J.;Richardson A. L.;Ringner M.;Rodriguez J. B.;Rodriguez-Gonzalez F. G.;Romieu G.;Salgado R.;Sauer T.;Shepherd R.;Sieuwerts A. M.;Simpson P. T.;Smid M.;Sotiriou C.;Span P. N.;Stefansson O. A.;Stenhouse A.;Stunnenberg H. G.;Sweep F.;Tan B. K. T.;Thomas G.;Thompson A. M.;Tommasi S.;Treilleux I.;Tutt A.;Ueno N. T.;Van Laere S.;Van den Eynden G. G.;Vermeulen P.;Viari A.;Vincent-Salomon A.;Wong B. H.;Yates L.;Zou X.;van Deurzen C. H. M.;van de Vijver M. J.;van't Veer L.;Ammerpohl O.;Aukema S.;Bergmann A. K.;Bernhart S. H.;Borkhardt A.;Borst C.;Burkhardt B.;Claviez A.;Goebler M. E.;Haake A.;Haas S.;Hansmann M.;Hoell J. I.;Hummel M.;Karsch D.;Klapper W.;Kneba M.;Kreuz M.;Kube D.;Kuppers R.;Lenze D.;Loeffler M.;Lopez C.;Mantovani-Loffler L.;Moller P.;Ott G.;Radlwimmer B.;Richter J.;Rohde M.;Rosenstiel P. C.;Rosenwald A.;Schilhabel M. B.;Schreiber S.;Stadler P. F.;Staib P.;Stilgenbauer S.;Sungalee S.;Szczepanowski M.;Toprak U. H.;Trumper L. H. P.;Wagener R.;Zenz T.;Hovestadt V.;von Kalle C.;Kool M.;Korshunov A.;Landgraf P.;Lehrach H.;Northcott P. A.;Pfister S. M.;Reifenberger G.;Warnatz H. -J.;Wolf S.;Yaspo M. -L.;Assenov Y.;Gerhauser C.;Minner S.;Schlomm T.;Simon R.;Sauter G.;Sultmann H.;Biswas N. K.;Maitra A.;Majumder P. P.;Sarin R.;Barbi S.;Bonizzato G.;Cantu C.;Dei Tos A. P.;Fassan M.;Grimaldi S.;Luchini C.;Malleo G.;Marchegiani G.;Milella M.;Paiella S.;Pea A.;Pederzoli P.;Ruzzenente A.;Salvia R.;Sperandio N.;Arai Y.;Hama N.;Hiraoka N.;Hosoda F.;Nakamura H.;Ojima H.;Okusaka T.;Totoki Y.;Urushidate T.;Fukayama M.;Ishikawa S.;Katai H.;Katoh H.;Komura D.;Rokutan H.;Saito-Adachi M.;Suzuki A.;Taniguchi H.;Tatsuno K.;Ushiku T.;Yachida S.;Yamamoto S.;Aikata H.;Arihiro K.;Ariizumi S. -I.;Chayama K.;Furuta M.;Gotoh K.;Hayami S.;Hirano S.;Kawakami Y.;Maejima K.;Nakamura T.;Nakano K.;Ohdan H.;Sasaki-Oku A.;Tanaka H.;Ueno M.;Yamamoto M.;Yamaue H.;Choo S. P.;Cutcutache I.;Khuntikeo N.;Ong C. K.;Pairojkul C.;Popescu I.;Ahn K. S.;Aymerich M.;Lopez-Guillermo A.;Lopez-Otin C.;Puente X. S.;Campo E.;Amary F.;Baumhoer D.;Behjati S.;Bjerkehagen B.;Futreal P. A.;Myklebost O.;Pillay N.;Tarpey P.;Tirabosco R.;Zaikova O.;Flanagan A. M.;Boultwood J.;Bowen D. T.;Cazzola M.;Green A. R.;Hellstrom-Lindberg E.;Malcovati L.;Nangalia J.;Papaemmanuil E.;Vyas P.;Ang Y.;Barr H.;Beardsmore D.;Eldridge M.;Gossage J.;Grehan N.;Hanna G. B.;Hayes S. J.;Hupp T. R.;Khoo D.;Lagergren J.;Lovat L. B.;MacRae S.;O'Donovan M.;O'Neill J. R.;Parsons S. L.;Preston S. R.;Puig S.;Roques T.;Sanders G.;Sothi S.;Tavare S.;Tucker O.;Turkington R.;Underwood T. J.;Welch I.;Fitzgerald R. C.;Berney D. M.;De Bono J. S.;Cahill D.;Camacho N.;Dennis N. M.;Dudderidge T.;Edwards S. E.;Fisher C.;Foster C. S.;Ghori M.;Gill P.;Gnanapragasam V. J.;Gundem G.;Hamdy F. C.;Hawkins S.;Hazell S.;Howat W.;Isaacs W. B.;Karaszi K.;Kay J. D.;Khoo V.;Kote-Jarai Z.;Kremeyer B.;Kumar P.;Lambert A.;Leongamornlert D. A.;Livni N.;Lu Y. -J.;Luxton H. J.;Marsden L.;Massie C. E.;Matthews L.;Mayer E.;McDermott U.;Merson S.;Neal D. E.;Ng A.;Nicol D.;Ogden C.;Rowe E. W.;Shah N. C.;Thomas S.;Thompson A.;Verrill C.;Visakorpi T.;Warren A. Y.;Whitaker H. C.;Zhang H.;van As N.;Eeles R. A.;Abeshouse A.;Agrawal N.;Akbani R.;Al-Ahmadie H.;Albert M.;Aldape K.;Ally A.;Appelbaum E. L.;Armenia J.;Asa S.;Auman J. T.;Balasundaram M.;Balu S.;Barnholtz-Sloan J.;Bathe O. F.;Baylin S. B.;Benz C.;Berchuck A.;Berrios M.;Bigner D.;Birrer M.;Bodenheimer T.;Boice L.;Bootwalla M. S.;Bosenberg M.;Bowlby R.;Boyd J.;Broaddus R. R.;Brock M.;Brooks D.;Bullman S.;Caesar-Johnson S. J.;Carey T. E.;Carlsen R.;Cerfolio R.;Chandan V. S.;Chen H. -W.;Cherniack A. D.;Chien J.;Cho J.;Chuah E.;Cibulskis C.;Cope L.;Cordes M. G.;Curley E.;Czerniak B.;Danilova L.;Davis I. J.;Defreitas T.;Demchok J. A.;Dhalla N.;Dhir R.;Doddapaneni H. V.;El-Naggar A.;Felau I.;Ferguson M. L.;Finocchiaro G.;Fong K. M.;Frazer S.;Friedman W.;Fronick C. C.;Fulton L. A.;Gabriel S. B.;Gao J.;Gehlenborg N.;Gershenwald J. E.;Ghossein R.;Giama N. H.;Gibbs R. A.;Gomez C.;Govindan R.;Hayes D. N.;Hegde A. M.;Heiman D. I.;Heins Z.;Hepperla A. J.;Holbrook A.;Holt R. A.;Hoyle A. P.;Hruban R. H.;Hu J.;Huang M.;Huntsman D.;Huse J.;Iacobuzio-Donahue C. A.;Ittmann M.;Jayaseelan J. C.;Jefferys S. R.;Jones C. D.;Jones S. J. M.;Juhl H.;Kang K. J.;Karlan B.;Kasaian K.;Kebebew E.;Kim H. K.;Korchina V.;Kundra R.;Lai P. H.;Lander E.;Le X.;Lee D.;Levine D. A.;Lewis L.;Ley T.;Li H. I.;Lin P.;Linehan W. M.;Liu F. F.;Lu Y.;Lype L.;Ma Y.;Maglinte D. T.;Mardis E. R.;Marks J.;Marra M. A.;Matthew T. J.;Mayo M.;McCune K.;Meier S. R.;Meng S.;Mieczkowski P. A.;Mikkelsen T.;Miller C. A.;Mills G. B.;Moore R. A.;Morrison C.;Mose L. E.;Moser C. D.;Mungall A. J.;Mungall K.;Mutch D.;Muzny D. M.;Myers J.;Newton Y.;Noble M. S.;O'Donnell P.;O'Neill B. P.;Ochoa A.;Park J. -W.;Parker J. S.;Pass H.;Pastore A.;Pennell N. A.;Perou C. M.;Petrelli N.;Potapova O.;Rader J. S.;Ramalingam S.;Rathmell W. K.;Reuter V.;Reynolds S. M.;Ringel M.;Roach J.;Roberts L. R.;Robertson A. G.;Sadeghi S.;Saller C.;Sanchez-Vega F.;Schadendorf D.;Schein J. E.;Schmidt H. K.;Schultz N.;Seethala R.;Senbabaoglu Y.;Shelton T.;Shi Y.;Shih J.;Shmulevich I.;Shriver C.;Signoretti S.;Simons J. V.;Singer S.;Sipahimalani P.;Skelly T. J.;Smith-McCune K.;Socci N. D.;Soloway M. G.;Sood A. K.;Tam A.;Tan D.;Tarnuzzer R.;Thiessen N.;Thompson R. H.;Thorne L. B.;Tsao M.;Umbricht C.;Van Den Berg D. J.;Van Meir E. G.;Veluvolu U.;Voet D.;Wang L.;Weinberger P.;Weisenberger D. J.;Wigle D.;Wilkerson M. D.;Wilson R. K.;Winterhoff B.;Wiznerowicz M.;Wong T.;Wong W.;Xi L.;Yau C.;Zhang H.;Zhang H.;Zhang J.
2020
Abstract
Cancer is driven by genetic change, and the advent of massively parallel sequencing has enabled systematic documentation of this variation at the whole-genome scale1–3. Here we report the integrative analysis of 2,658 whole-cancer genomes and their matching normal tissues across 38 tumour types from the Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium of the International Cancer Genome Consortium (ICGC) and The Cancer Genome Atlas (TCGA). We describe the generation of the PCAWG resource, facilitated by international data sharing using compute clouds. On average, cancer genomes contained 4–5 driver mutations when combining coding and non-coding genomic elements; however, in around 5% of cases no drivers were identified, suggesting that cancer driver discovery is not yet complete. Chromothripsis, in which many clustered structural variants arise in a single catastrophic event, is frequently an early event in tumour evolution; in acral melanoma, for example, these events precede most somatic point mutations and affect several cancer-associated genes simultaneously. Cancers with abnormal telomere maintenance often originate from tissues with low replicative activity and show several mechanisms of preventing telomere attrition to critical levels. Common and rare germline variants affect patterns of somatic mutation, including point mutations, structural variants and somatic retrotransposition. A collection of papers from the PCAWG Consortium describes non-coding mutations that drive cancer beyond those in the TERT promoter4; identifies new signatures of mutational processes that cause base substitutions, small insertions and deletions and structural variation5,6; analyses timings and patterns of tumour evolution7; describes the diverse transcriptional consequences of somatic mutation on splicing, expression levels, fusion genes and promoter activity8,9; and evaluates a range of more-specialized features of cancer genomes8,10–18.
I documenti in IRIS sono protetti da copyright e tutti i diritti sono riservati, salvo diversa indicazione.
Utilizza questo identificativo per citare o creare un link a questo documento: https://hdl.handle.net/10281/284748
Citazioni
1535
1269
Social impact
Conferma cancellazione
Sei sicuro che questo prodotto debba essere cancellato?
simulazione ASN
Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2023-2025 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 598/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.