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EnglishMolecular descriptors capture diverse structural information of molecules and are a prerequisite for ligand-based similarity searching. In this study, we introduce topological matrix-based descriptors to virtual screening for hit discovery. We evaluated the usefulness of matrix-based descriptors in a retrospective setting and compared them with topological pharmacophore descriptors. Special attention was given to the influence of data pre-processing and the applied similarity metric on the virtual screening performance. Overall, the MB descriptors showed a competitive and complementary performance to other descriptors. A prospective screen of a commercial compound library led to the discovery of a novel natural-product-derived cyclooxygenase-2 inhibitor predicted to interact differently with the target protein compared to the query compound ibuprofen. The results of our study motivate the use of matrix-based descriptors for molecular similarity-based virtual screening and scaffold hopping.
| Citazione: | Grisoni, F., Reker, D., Schneider, P., Friedrich, L., Consonni, V., Todeschini, R., et al. (2017). Matrix-based Molecular Descriptors for Prospective Virtual Compound Screening. MOLECULAR INFORMATICS, 36(1-2, Special Issue). |
| Tipo: | Articolo in rivista - Articolo scientifico |
| Carattere della pubblicazione: | Scientifica |
| Presenza di un coautore afferente ad Istituzioni straniere: | Si |
| Titolo: | Matrix-based Molecular Descriptors for Prospective Virtual Compound Screening |
| Autori: | Grisoni, F; Reker, D; Schneider, P; Friedrich, L; Consonni, V; Todeschini, R; Koeberle, A; Werz, O; Schneider, G |
| Autori: | |
| Data di pubblicazione: | 2017 |
| Lingua: | English |
| Rivista: | MOLECULAR INFORMATICS |
| Digital Object Identifier (DOI): | 10.1002/minf.201600091 |
| Appare nelle tipologie: | 01 - Articolo su rivista |
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